از همان ابتدای کار و معرفی سه گانه FFXIII قرار بر این بود

از همان ابتدای کار و معرفی سه گانه FFXIII قرار بر این بود که نقش داستان و نحوه روایت آن بسیار پررنگ باشد و 3 نسخه را به خوبی پوشش داده و به سرانجام خود برسد. با وجود احیاء تمامی عناصر کلاسیک در این سری، پایان بحث برانگیز در نسخه های قبلی FFXIII چندان مورد رضایت مخاطبین قرار نگرفت و ایرادهای بسیاری به آن وارد شد. پس از معرفی LR در مراسم بیست و پنچمین سالگرد FF مشخص شد که این قسمت پایانی بر ماجرای زندگی لایتنینگ (Lightning) باشد و از آنجایی که فرجام کار او در FFXIII-2 مبهم بود، بسیاری را برای ادامه کنجکاو کرد. داستان 500 سال پس از پایان نسخه قبلی و هنگامی که دنیا دچار آشوب بزرگی شده، از سر گرفته می شود. پس از شکل گیری Nova Chrysalia که متشکل از Valhalla و Gran Pulse بود، حداکثر 13 روز به پایان کار آن باقی مانده است. مردم که پس از یک سری ناهنجاری دچار هرج و مرج شده اند، با مشکلات بسیاری همچون عدم تولید مثل دست و پنجه نرم می کنند و به عبارتی ادامه و بقای نسل بشر به خطر افتاده است.

در چنین شرایط وخیمی، بونی ولز (Bhunivelze) با برگرداندن منجی انتخاب شده، یعنی لایتنینگ در صدد احیای دنیا و جلوگیری از وقوع آخر الزمان برمی آید. بدین ترتیب قهرمان داستان از خواب 500 ساله خود بیدار و متوجه اتفاقات ناگوار و نزدیک شدن پایان دنیا می شود. او با نجات ارواح سرگردان باید از واقعه رستاخیز مردگان جلوگیری کند و پایان دنیا را ساعت به ساعت، معادل گذر زمان در خارج از دنیای مجازی به تأخیر بیندازد. با وجود آنکه داستان در بخش عمده ای از بازی، به خصوص شروع کار سرگرم کننده احساس می شود، اما نجات دنیا و مردم آن، دیگر کشش و ظرفیت کافی را برای جذب مخاطبان جدید و برانگیختن رضایت طرفداران قدیمی را در خود نمی بیند و ممکن است انگیزه کافی را در بین بازیکنان برای به پایان رساندن بازی ایجاد نکند. وجود یک سری عناصر اضافی و مراحل جانبی پیش پا افتاده که همچون وصله های ناجور با شخصیت پردازی لایتنینگ و شاخصه اصلی او به عنوان منجی بشریت همخوانی ندارند نیز مزید بر علت شده است.