در سال ۱۳۵۰ امام موسی صدر در سفری به تهران ضمن ملاقات با

در سال ۱۳۵۰ امام موسی صدر در سفری به تهران ضمن ملاقات با مهدی بازرگان و گزارش خدمات درلبنان، از تشکیل یک مدرسه در شهر صور خبر می‌دهد و از ایشان معرفی یک مهندس مجرب جهت اداره مدرسه را خواستار می‌شود. مهندس بازرگان، چمران را معرفی می‌نماید. پس از تماس امام موسی صدر با چمران، این امر مورد قبول او قرار گرفته و وی دوباره همه چیز را رها کرده و به سوی لبنان رهسپار می‌گردد.[۱۹]چمران در لبنان، در کنار امام موسی صدر، به فعالیت‌های فرهنگی و چریکی می‌پردازد و مدیریتمدرسه صنعتی جبل عامل را به عهده می‌گیرد. محمد نصرالله عضو هیئت رئیسه جنبش اَمل درباره حضور دکتر مصطفی چمران در لبنان می‌گوید: «مصطفی چمران بر حسب خواست امام موسی صدر از مصر به لبنان آمد. همسر ایشان به همراه سه پسر و یک دختر نیز به لبنان آمدند. اما به دلیل عدم وجود مدرسه برای آنان خانواده چمران نتوانست در لبنان زندگی کند. او از همسرش جدا شد و خانواده‌اش را رها کرد تا با خانواده فقرا زندگی کند. خودش می‌گفت من خاک کفش‌های فقرا هستم. چمران در دل شیعیان لبنان جاودان است. امام موسی صدر وصیت کرد که همواره حرف مصطفی چمران اجرا شود.[۲۰] تأسیس پایگاه چریکی مستقل برای تعلیم مبارزان ایرانی در لبنان، از دیگر اهداف چمران بوده است. چمران در لبنان، به کمک امام موسی صدر، «حرکةالمحرومین» و سپس جناح نظامی آن، سازمان امل را پایه‌گذاری کرد. از سال ۱۹۷۱ که به جنوب لبنان آمده بود، کلاس‌هائی برای درس‌های ایدئولوژیک اسلامی به سبک انجمن‌های اسلامی دانشجویان به راه انداخت. از هر دهی یک یا دو نفر از معلمین مسلمان را انتخاب کرد که در کل حدود ۱۵۰ نفر می‌شدند؛ هفته‌ای یک بار به مدرسه می‌آمدند و جلساتی اسلامی برپا می‌شد که امام موسی، شیخ مهدی شمس الدین، محمدحسین فضل‌الله و رجال دیگر سخنرانی می‌کردند و بعد خودش وارد بحث می‌شد و یک سلسله دروس ایدئولوژیک بیان می‌کرد. همین افراد بودند که اولین هسته‌های سازمان «حرکت المحرومین» در جنوب را تشکیل دادند. او در بیروت نیز نظیر این اقدام را انجام داد.هنگامی که منطقه شیعه نشین نبعه توسط فالانژهامحاصره شده بود، چمران در مأموریتی خطرناک، سوار بر زره‌پوشی از ارتش لبنان، خود را به داخل منطقه محاصره شده می‌رساند. در میان راه فالانژیست‌ها زره‌پوش را متوقف می‌کنند و می‌خواهند در آن را باز کنند که چمران از داخل دستگیره در را محکم می‌گیرد و آنها فکر می‌کنند در قفل است و وقتی از شیشه کوچک به داخل نگاه می‌کنند او خود را پنهان می‌کند؛ آنها نیز با تصور اینکه کسی داخل نیست منصرف می‌شوند. چمران پس از سه روز ماندن در نبعه تصمیم به مراجعت می‌گیرد. برای بازگشت زره‌پوشی نبود؛ لذا با ارمنی‌ها تماس می‌گیرد؛ ارمنی‌ها در قبال گرفتن پول شیعیان را به بیروت می‌رساندند و اکثریت آنها در میان راه به اسارت می‌افتادند و کشته می‌شدند. چمران با اتومبیل، همراه سه نفر ارمنی، وارد منطقه فالانژیست‌ها می‌شود و در پست ایست و بازرسی فالانژها با استفاده از گذرنامه یک شخص فرانسوی که شباهتی به چمران داشته، شروع به صحبت به زبان فرانسه با مأمورین می‌کند و بدین ترتیب از محاصره آنها خارج می‌شود. او گزارشی از وضعیت وخیم شیعیان جنگ زده «نبعه» به امام موسی صدر می‌دهد. امام موسی صدر با دوستی در فرانسه تماس گرفته و تقاضای کمک می‌نماید؛ او نیز با سازمان پزشکان بدون مرز تماس برقرار می‌کند و اکیپی متشکل از چهار پزشک فرانسوی به همراه سه پرستار عازم نبعه می‌شوند. چمران دوباره همراه با اکیپ فرانسوی عازم نبعه می‌شود که در میان راه اتومبیل آنها را به رگبار می‌بندند و سوراخ سوراخ می‌کنند.چمران عشق و ارادت عجیبی به امام موسی صدرداشت و از یادداشت‌هایش این امر کاملاً هویداست.چمران نسبت به گروه‌های سیاسی لبنان شناخت عمیقی داشت؛ وی آزردگی خاطر خویش را از باران تهمت‌هائی که گروه‌های مختلف سیاسی به او می‌زدند کتمان نمی‌کند. از جمله اتهامات که به چمران زده بودند، تسلیم نمودن اردوگاه بزرگ فلسطینی تل زعتر به کتائب (فالانژها) بوده‌است. چمران با رهبران فلسطینی و در رأس آنها، یاسر عرفات نیز تماس و همکاری نزدیک داشته است به طوری که یاسر عرفات و ابوجهاد می‌آمدند و از او مشورت می‌گرفتند.در بحبوحه پیروزی انقلاب ۵۷، چمران در نظر داشت که پانصد رزمنده از سازمان «امل» را تجهیز نموده و خود را به وسط معرکه نبرد در ایران برساند. دولت سوریهنیز دادن امکانات و هواپیما برای انتقال رزمندگان را تقبل نموده بود تا در هر جا که سازمان امل می‌خواهد رزمندگانش را پیاده کند. اما نبرد در تهران ۲۴ ساعت بیشتر طول نکشید و طرح به مرحله اجرا در نیامد.[۲۱]با پیروزی انقلاب ۱۳۵۷، در سی ام بهمن همین سال چمران همراه با یک گروه ۹۲ نفره از لبنان به ایران آمد و با آنکه قصد ماندن در